前作『II』の最終回でデストロンの破壊大帝・ガルバトロンは、サイバトロンのリーダー・ライオコンボイによって倒された。
しかし、人工惑星ネメシスが爆発した直後、アンゴルモアエネルギーが入った「アンゴルモアカプセル」は宇宙に散らばってしまう。
ベクターシグマの指令でそれらを回収する使命を受けたサイバトロンの新兵5人とその教官に選ばれた孤高のワンマンズアーミー・ビッグコンボイは宇宙船ガンホーで宇宙の旅に向かった。
一方、デストロンの新しい破壊大帝・マグマトロンもアンゴルモアカプセルの情報を知り、サイバトロンとは逆に熟練兵で構成された部隊を率いて、アンゴルモアカプセルの回収に乗り出した。
さらにサイバトロンとデストロンのアンゴルモアカプセルの争奪戦に、謎の第三勢力・ブレントロンが現れ、戦いは激しさを増していく。